El FC Thun II es el segundo equipo de fútbol del FC Thun, que juega en la 1ª Liga clásica, la tercera división del fútbol suizo. El equipo fue fundado en 1998 y juega sus partidos en casa en el estadio Lachen. El FC Thun II ha ganado el campeonato de la 1ª Liga clásica en dos ocasiones, en las temporadas 2004-05 y 2012-13. El equipo también ha llegado a la final de la Copa Suiza en dos ocasiones, en las temporadas 2004-05 y 2012-13. El FC Thun II es un equipo joven y talentoso, con varios jugadores que han jugado en el primer equipo del FC Thun. El equipo es dirigido por Urs Fischer, quien ha estado a cargo desde 2012.