Club Canoneros Marina

Primeros años

El equipo fue creado en el año 2012 tras un acuerdo entre la Liga de Fútbol Torneo Central de Reservas y la Secretaría de Marina, por el cual el conjunto pasó a militar en la Tercera División a partir de la temporada 2012-13, durante el tiempo que fue un equipo perteneciente a una institución del Estado Mexicano, recibía apoyo financiero, logístico y de seguridad procedentes del presupuesto público.​

En su primera temporada finalizó en la posición 2 del grupo IV, lo que le permitió clasificarse a la liguilla, siendo eliminado en la ronda de treintadosavos de final por el conjunto Estudiantes de Atlacomulco. En su segunda temporada, finalizó en la misma posición, llegando hasta los cuartos de final.

En las siguientes temporadas, el cuadro continuó con presencia en los puestos principales de su grupo, lo que le permitió acceder a las rondas de liguillas, en las cuales caería eliminado.​

En la temporada 2017-18, el equipo finalizó como líder de su grupo con 92 puntos, además de convertirse en el segundo equipo con mejor promedio de todos los contendientes.​ En la fase de liguilla, el equipo eliminó a los equipos Halcones de Rayón y Azules de la Sección 26, mientras que en la tercera ronda fue derrotado por el Poza Rica. Sin embargo, gracias a su promedio, el club pudo continuar en la fase final por tener el mejor cociente. Tras esto, el cuadro eliminó a los Tuzos de Pachuca y al Poza Rica. Para llegar directamente a la final del campeonato.

En la final de temporada, el cuadro de la Marina se enfrentó al Acatlán.​ Finalmente, el conjunto jalisciense se hizo con el campeonato tras ganar una serie de penales,​ la cual le permitió ganar en un principio el ascenso de categoría.​

A lo largo de su historia, el equipo ha disputado algunos enfrentamientos amistosos contra clubes de la primera división, y del extranjero, como fue el caso del Toronto FC.​

Segunda División

El 6 de julio de 2018 se anunció que el cuadro de la Marina fue ascendido a la Serie B, pese a ser el subcampeón de la Tercera División, esto por ser el club mejor clasificado que cumple los requisitos necesarios para la promoción, debido a que el campeón, Acatlán, no pudo acreditarse a tiempo.​ Para la temporada 2018-19 el equipo principal pasó a ser conocido como Club Cañoneros Marina, por otro lado, se creó un segundo equipo en Tercera División manteniendo la identidad original.

Al finalizar el torneo regular de la temporada 2018-19, el cuadro naval finalizó en quinto lugar general, por lo que se clasificó la liguilla. En cuartos de final eliminó a Mineros de Fresnillo con global de 6-2, mientras que en semifinales empató por 1-1 con el Atlético Saltillo Soccer, sin embargo, por su mejor puntuación accedió a la primera final en el nuevo circuito.

En el partido de ida, el equipo de la Marina fue derrotado por 2-0 ante el Deportivo Cafessa, sin embargo, en el juego de vuelta, el conjunto naval remontó la serie para ganar por 3-2 en el marcador global, de esta manera se consiguió el primer campeonato en la historia de la institución.​

El 28 de junio de 2019 se confirmó la participación del Club Cañoneros Marina en la Serie A de la Liga Premier, por lo que de esta forma, el equipo hiló su segundo ascenso de categoría consecutivo.​

En 2021 el equipo fue renombrado como Cañoneros Fútbol Club debido a que la Secretaría de Marina retiró el apoyo financiero e institucional al club, por lo que dejó de llevar el nombre de la dependencia en su identidad.​